Les productions végétales de la région Rhône-Alpes se caractérisent par une très grande diversité des cultures : Vigne, Cultures Fruitières, Céréales, Colza, Tournesol, Cultures Légumières, Plantes médicinales et aromatiques, etc. A ceci, il faut ajouter de nombreuses pépinières ornementales, fruitières, viticoles et forestières.

 La région est fortement marquée par la présence de parasites réglementés tels que la Sharka sur Abricotier et Pêcher, le Feu Bactérien sur Poirier, la Flavescence dorée de la Vigne. Ces parasites peuvent handicaper lourdement les productions concernées et, de ce fait, doivent être circonscrits pour éviter leur dissémination. Par ailleurs, le risque d’introduction de nouveaux parasites est important. En effet, la situation géographique et les infrastructures de transport de la région en font une zone d’échanges commerciaux intenses, aussi bien avec les pays de l’UE qu’avec les Pays tiers : la chrysomèle des racines du maïs, le Cynips du châtaignier (signalés en PACA en 2007) sont ainsi deux exemples de risques potentiels qui pourraient avoir des conséquences économiques importantes sur les filières.

 Au-delà de ces enjeux de « protection et de qualité des végétaux », du coté des impacts, la sécurité sanitaire des aliments et la prévention des risques environnementaux engendrés par ces productions végétales sont des enjeux régionaux forts et en croissance. Les objectifs visés sont la réduction des pollutions par les pesticides ainsi que le suivi des pratiques des agriculteurs en matière phytosanitaire, pour leur propre santé que celle des consommateurs.